Η ίδρυση και η λειτουργία των Γενικών Αρχείων του Κράτους (Γ.Α.Κ.) είναι συνδεδεμένη με τον λογοτέχνη, λαογράφο και ιστορικό Γιάννη Βλαχογιάννη (27.07.1867 - 23.08.1945). Η ενασχόλησή του με τη συλλογή αρχειακού υλικού, πρωτοφανής σ’ έκταση και επιμονή, του επέτρεψε να συγκροτήσει μια ογκώδη και, εκ των πραγμάτων, μοναδική συλλογή αρχειακών καταλοίπων. Ο Γιάννης Βλαχογιάννης, χάρις στο πάθος του για την έρευνα που αφορούσε την ιστορία του 1821 και την ιστορία του νεώτερου κράτους. έσωσε από την απώλεια ένα πολύ σημαντικό μέρος των αρχείων των περιόδων αυτών και το ενσωμάτωσε, μέσω των Γενικών Αρχείων του Κράτους και όχι μόνον, στην αρχειακή μνήμη του έθνους.
Ο Ά. Παπακώστας χαρακτηρίζει τη συλλογή Γ. Βλαχογιάννη ως: «Τα Αρχεία Βλαχογιάννη έχουν ένα ιδιότυπο και προσωπικό χαρακτήρα. Περιλαμβάνουν στοιχεία αρχειακά, δηλ. έγγραφα δημόσια και ιδιωτικά και χειρόγραφα, που έχουν τον ίδιο χαρακτήρα. Συμπληρώνονται όμως και από αναρίθμητα προσωπικά στοιχεία, δηλ. υλικό μελετών, που εσκόπευε αλλά δεν πρόλαβε, να χρησιμοποιήση, και εκατοντάδες χιλιάδες σχετικά δελτία».
Ο Βλαχογιάννης, το 1893, κατά την εκποίηση των αρχείων του Ελεγκτικού Συνεδρίου, στα οποία περιλαμβάνονταν Αρχεία του Αγώνος (όσα δεν είχαν αποσπαστεί και μεταφερθεί στη Βουλή των Ελλήνων το 1855), κατάφερε να σώσει ένα μέρος των αρχείων αυτών και συμπληρώνοντάς το με άλλο υλικό που είχε κατά καιρούς μαζέψει, οδήγησε στην ίδρυση μιας κρατικής αρχειακής υπηρεσίας που θα τελείωνε αμετάκλητα με την κρατική περί αρχείων αμέλεια.
Τα Γενικά Αρχεία του Κράτους ιδρύθηκαν το 1914 μετά από εισήγησή του στον Ελευθέριο Βενιζέλο, καθώς και με τις προτροπές του Σπυρίδωνα Λάμπρου. Ο Βενιζέλος διόρισε τον Βλαχογιάννη Διευθυντή στη νεοσυσταθείσα Υπηρεσία, θέση που θα κρατήσει μέχρι το 1937. Αργότερα, δώρισε στα Γενικά Αρχεία την πολύτιμη συλλογή του.